I possessori del Nintendo 3DS avranno accesso a una quantità pressoché illimitata di livelli di Super Mario con cui divertirsi. I giocatori possono anche creare dei livelli usando quasi tutti gli oggetti della versione originale per Wii U e avvalersi di utili tutorial interattivi. Una funzione unica della versione per Nintendo 3DS prevede che gli amici possano collaborare per lavorare insieme su livelli ancora incompleti condividendoli in wireless locale con un altro possessore del gioco. Anche se i livelli non possono essere condivisi online, i giocatori possono collegarsi a Internet per scaricare e affrontare alcuni livelli selezionati della versione per Wii U. Il titolo include anche più di 100 livelli progettati da Nintendo e arricchiti da sfide aggiuntive, come prendere tutte le monete o sconfiggere tutti i nemici.